Desde el ingreso al recinto la naturaleza tanto en flora y fauna se pone de manifiesto, pues sus pasillos están diseñados para facilitar el desplazamiento de los visitantes en medio de la vegetación, donde los animales, dependiendo de sus características están en espacios abiertos; es el caso de las especies acuáticas o terrestres, excepto la serpientes. Algunos peces viven en un acuario especial, precisamente por tratarse de ejemplares particulares.
No ocurre lo mismo con las fieras o las aves, que son albergadas en jaulas de gran tamaño o espacios cuya estructura fue diseñada para evitar el contacto directo con los visitantes.
La historia del zoo de Santa Cruz, se remonta a la iniciativa plasmada por el naturalista Noel Kempff Mercado, que en los años 60 concibió la idea de construir un zoológico dedicado exclusivamente a la fauna Sudamericana y luego de algunos viajes a Europa, donde apreció zoológicos de diferentes características, para finales de los años 70 logró la construcción del zoo cruceño.
La especialización en fauna sudamericana que le confirió su creador ha tenido una entusiasta acogida en el ambiente científico internacional.
Entre sus misiones y objetivos éste zoo es considerado como una gran aula abierta, tanto para la educación informal como para el cumplimiento de diversos objetivos de la educación formal. A partir del año 2001 se realiza un programa de educación ambiental a través de un convenio con el Museo de Historia Natural de la Universidad Autónoma. También un grupo de guías voluntarios proporciona informaciones al público y trata de inculcar normas de buen comportamiento a fin de evitar accidentes en el público y daños a los animales.
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